test_SubsMat
Check differences between derived and true frequencies for each
letter. Differences should be very small
A 0.000009
C 0.000001
D 0.000006
E 0.000006
F 0.000004
G 0.000008
H 0.000002
I 0.000006
K 0.000006
L 0.000009
M 0.000002
N 0.000005
P 0.000005
Q 0.000004
R 0.000005
S 0.000006
T 0.000006
V 0.000008
W 0.000002
Y 0.000004
A 0.011
C 0.002 0.002
D 0.009 0.001 0.008
E 0.010 0.001 0.008 0.006
F 0.006 0.002 0.003 0.003 0.004
G 0.011 0.002 0.007 0.007 0.005 0.016
H 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003
I 0.010 0.002 0.003 0.003 0.008 0.005 0.002 0.007
K 0.010 0.001 0.008 0.008 0.003 0.007 0.003 0.004 0.006
L 0.015 0.003 0.006 0.007 0.012 0.008 0.004 0.017 0.006 0.016
M 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.001
N 0.007 0.001 0.008 0.006 0.003 0.007 0.003 0.003 0.007 0.005 0.002 0.003
P 0.006 0.001 0.005 0.005 0.003 0.005 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.005 0.006
Q 0.006 0.001 0.006 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.005 0.004 0.001 0.004 0.003 0.002
R 0.008 0.001 0.006 0.006 0.003 0.004 0.002 0.003 0.008 0.005 0.002 0.005 0.004 0.004 0.005
S 0.010 0.001 0.008 0.007 0.005 0.008 0.003 0.004 0.007 0.008 0.002 0.006 0.005 0.005 0.005 0.006
T 0.010 0.002 0.006 0.008 0.003 0.008 0.003 0.004 0.007 0.009 0.002 0.005 0.005 0.005 0.006 0.009 0.004
V 0.013 0.003 0.005 0.006 0.008 0.007 0.003 0.016 0.007 0.022 0.005 0.005 0.005 0.003 0.004 0.006 0.007 0.012
W 0.002 0.000 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002
Y 0.006 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.002 0.005 0.003 0.009 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.007 0.003 0.004
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
Diff between supplied and matrix-derived frequencies, should be small
A 0.00
C 0.00
D 0.00
E 0.00
F 0.00
G 0.01
H 0.00
I 0.01
K 0.00
L 0.01
M 0.00
N 0.00
P 0.00
Q 0.00
R 0.00
S 0.00
T 0.00
V 0.00
W 0.00
Y 0.00
Calculating sum of letters for an observed frequency matrix
A	0.09
C	0.02
D	0.06
E	0.05
F	0.04
G	0.07
H	0.02
I	0.06
K	0.06
L	0.09
M	0.02
N	0.05
P	0.04
Q	0.04
R	0.04
S	0.06
T	0.06
V	0.08
W	0.02
Y	0.04
Total sum 1.00 should be 1.0

Log odds matrix

Log odds half matrix
A 0
V 0 1
I 0 0 1
L 0 0 0 0
M 0 0 0 0 1
C 0 0 0 0 0 3
F 0 0 0 0 0 0 1
W 0 0 0 0 0 0 0 2
Y 0 0 0 0 0 0 0 0 1
H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2
S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
T 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Q 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
K 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
R 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
D 0 0 -1 0 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
E 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
P 0 0 0 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
   A   V   I   L   M   C   F   W   Y   H   S   T   N   Q   K   R   D   E   G   P

Log odds full matrix
   A   V   I   L   M   C   F   W   Y   H   S   T   N   Q   K   R   D   E   G   P
A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
V 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
I 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1 -1 0 0
L 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1
M 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1 0 0 -1
C 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1 0 0 0
F 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1 0 0
W 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Y 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
T 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Q 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
K 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
R 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
D 0 0 -1 0 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
E 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
P 0 0 0 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1

Testing MatrixInfo

benner6
------------
A   2
C  -1  12
D   0  -3   5
E   0  -4   4   5
F  -3   0  -5  -6   8
G   0  -1   0   0  -5   5
H  -2  -1   0   0   0  -2   6
I   0  -3  -4  -4   0  -3  -3   4
K  -1  -2   0   0  -6  -1   0  -3   5
L  -1  -3  -5  -5   2  -4  -2   2  -4   4
M   0  -3  -4  -4   0  -3  -3   4  -2  -2   4
N   0  -1   2   1  -3   0   1  -2   1  -3  -2   3
P   1  -2  -2  -2  -3  -1   0  -2  -2   0  -1  -1   6
Q  -1  -3   0   2  -4  -1   3  -3   2  -2  -3   0   0   5
R  -1   0  -1   0  -4   0   1  -3   4  -3  -3   0  -1   2   5
S   1   0   0  -1  -1   0   0  -1  -1  -1  -1   1   1  -1   0   2
T   1  -1  -1  -1  -2   0  -1   0  -1   0   0   0   0  -1  -1   1   2
V   0  -3  -3  -3   0  -2  -3   3  -3   1   3  -2  -1  -3  -3   0   0   4
W  -4   1  -6  -5  -1  -1  -2  -5  -1  -3  -4  -4  -4  -2   2  -2  -2  -4  14
Y  -4   2  -2  -4   5  -4   4  -3  -4  -1  -3   0  -3  -1  -2  -1  -3  -3   0   9
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

benner22
------------
A   2
C  -1  12
D   0  -3   4
E   0  -4   3   4
F  -3   0  -5  -5   7
G   0  -1   0   0  -5   6
H  -1  -1   0   0   0  -2   6
I   0  -2  -4  -3   0  -3  -3   4
K  -1  -3   0   1  -5  -1   0  -3   4
L  -1  -2  -4  -4   2  -4  -2   2  -3   4
M   0  -2  -3  -3   0  -3  -2   3  -2   3   4
N   0  -1   2   1  -3   0   1  -2   1  -3  -2   3
P   0  -3  -1  -1  -3  -1   0  -2  -1  -1  -2  -1   7
Q   0  -3   0   1  -3  -1   2  -2   2  -2  -1   0   0   4
R  -1  -1  -1   0  -4   0   1  -3   3  -2  -2   0  -1   2   5
S   1   0   0   0  -2   0   0  -1   0  -2  -1   1   1   0   0   2
T   1  -1   0   0  -2   0  -1   0   0  -1   0   0   0   0   0   1   2
V   0  -1  -3  -2   0  -2  -3   3  -2   2   2  -2  -1  -2  -2   0   0   3
W  -5   0  -6  -6   0  -4  -2  -4  -3  -1  -2  -5  -5  -3  -1  -3  -4  -4  15
Y  -3   0  -3  -4   5  -4   3  -2  -3   0  -1  -1  -3  -1  -2  -1  -3  -2   1   9
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

benner74
------------
A   2
C   0  11
D   0  -3   4
E   0  -3   2   3
F  -2   0  -4  -4   7
G   0  -2   0   0  -5   6
H  -1  -1   0   0   0  -1   6
I   0  -1  -3  -2   0  -4  -2   4
K   0  -2   0   1  -3  -1   0  -2   3
L  -1  -1  -4  -3   2  -4  -1   2  -2   4
M   0  -1  -3  -2   1  -3  -1   2  -1   2   4
N   0  -1   2   1  -3   0   1  -2   0  -3  -2   3
P   0  -3  -1   0  -3  -1  -1  -2   0  -2  -2  -1   7
Q   0  -2   0   1  -2  -1   1  -2   1  -1  -1   0   0   3
R   0  -2   0   0  -3  -1   1  -2   2  -2  -1   0   0   1   4
S   1   0   0   0  -2   0   0  -1   0  -2  -1   0   0   0   0   2
T   0   0   0   0  -2  -1   0   0   0  -1   0   0   0   0   0   1   2
V   0   0  -2  -2   0  -3  -2   3  -1   1   1  -2  -1  -1  -2  -1   0   3
W  -4   0  -5  -4   3  -4  -1  -2  -3   0  -1  -4  -5  -2  -1  -3  -3  -2  14
Y  -2   0  -2  -3   5  -4   2  -1  -2   0   0  -1  -3  -1  -2  -1  -2  -1   3   8
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

blosum100
------------
A   5
B  -3   4
C  -1  -5   9
D  -3   4  -5   7
E  -2   0  -6   1   6
F  -4  -5  -3  -5  -5   7
G  -1  -2  -5  -3  -4  -5   6
H  -3  -1  -5  -2  -1  -2  -4   9
I  -3  -5  -2  -6  -5  -1  -6  -5   5
K  -2  -1  -5  -2   0  -4  -3  -2  -4   6
L  -3  -5  -3  -6  -5   0  -5  -4   1  -4   5
M  -2  -4  -3  -5  -4  -1  -5  -3   1  -2   2   8
N  -2   4  -4   1  -1  -5  -2   0  -5  -1  -5  -4   7
P  -1  -3  -5  -3  -3  -5  -4  -3  -4  -2  -4  -4  -4   8
Q  -1  -1  -5  -2   1  -4  -3   0  -4   1  -3  -1  -1  -2   7
R  -2  -2  -5  -3  -2  -4  -4  -1  -4   2  -4  -2  -1  -3   0   7
S   1  -1  -2  -1  -1  -3  -1  -2  -4  -1  -4  -3   0  -2  -1  -2   6
T  -1  -2  -2  -2  -2  -3  -3  -3  -2  -2  -3  -2  -1  -3  -2  -2   1   6
V  -1  -5  -2  -5  -3  -2  -5  -5   2  -4   0   0  -4  -4  -3  -4  -3  -1   5
W  -4  -6  -5  -7  -5   0  -5  -3  -4  -5  -4  -3  -6  -6  -3  -4  -4  -5  -4  11
X  -1  -2  -3  -3  -2  -3  -3  -2  -2  -2  -2  -2  -2  -3  -2  -2  -1  -1  -2  -4  -2
Y  -4  -4  -4  -5  -4   3  -6   1  -3  -4  -3  -3  -3  -5  -3  -3  -3  -3  -3   1  -3   8
Z  -2   1  -6   0   5  -5  -4  -1  -4   0  -4  -3  -1  -3   3  -1  -1  -2  -3  -4  -2  -4   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum30
------------
A   4
B   0   5
C  -3  -2  17
D   0   5  -3   9
E   0   0   1   1   6
F  -2  -3  -3  -5  -4  10
G   0   0  -4  -1  -2  -3   8
H  -2  -2  -5  -2   0  -3  -3  14
I   0  -2  -2  -4  -3   0  -1  -2   6
K   0   0  -3   0   2  -1  -1  -2  -2   4
L  -1  -1   0  -1  -1   2  -2  -1   2  -2   4
M   1  -2  -2  -3  -1  -2  -2   2   1   2   2   6
N   0   4  -1   1  -1  -1   0  -1   0   0  -2   0   8
P  -1  -2  -3  -1   1  -4  -1   1  -3   1  -3  -4  -3  11
Q   1  -1  -2  -1   2  -3  -2   0  -2   0  -2  -1  -1   0   8
R  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -2  -1  -3   1  -2   0  -2  -1   3   8
S   1   0  -2   0   0  -1   0  -1  -1   0  -2  -2   0  -1  -1  -1   4
T   1   0  -2  -1  -2  -2  -2  -2   0  -1   0   0   1   0   0  -3   2   5
V   1  -2  -2  -2  -3   1  -3  -3   4  -2   1   0  -2  -4  -3  -1  -1   1   5
W  -5  -5  -2  -4  -1   1   1  -5  -3  -2  -2  -3  -7  -3  -1   0  -3  -5  -3  20
X   0  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1   0   0   0   0   0  -1   0  -1   0   0   0  -2  -1
Y  -4  -3  -6  -1  -2   3  -3   0  -1  -1   3  -1  -4  -2  -1   0  -2  -1   1   5  -1   9
Z   0   0   0   0   5  -4  -2   0  -3   1  -1  -1  -1   0   4   0  -1  -1  -3  -1   0  -2   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum35
------------
A   5
B  -1   5
C  -2  -2  15
D  -1   5  -3   8
E  -1   0  -1   2   6
F  -2  -2  -4  -3  -3   8
G   0   0  -3  -2  -2  -3   7
H  -2   0  -4   0  -1  -3  -2  12
I  -1  -2  -4  -3  -3   1  -3  -3   5
K   0   0  -2  -1   1  -1  -1  -2  -2   5
L  -2  -2  -2  -2  -1   2  -3  -2   2  -2   5
M   0  -2  -4  -3  -2   0  -1   1   1   0   3   6
N  -1   4  -1   1  -1  -1   1   1  -1   0  -2  -1   7
P  -2  -1  -4  -1   0  -4  -2  -1  -1   0  -3  -3  -2  10
Q   0   0  -3  -1   2  -4  -2  -1  -2   0  -2  -1   1   0   7
R  -1  -1  -3  -1  -1  -1  -2  -1  -3   2  -2   0  -1  -2   2   8
S   1   0  -3  -1   0  -1   1  -1  -2   0  -2  -1   0  -2   0  -1   4
T   0  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -1   0   0   0   0   0   0  -2   2   5
V   0  -2  -2  -2  -2   1  -3  -4   4  -2   2   1  -2  -3  -3  -1  -1   1   5
W  -2  -3  -5  -3  -1   1  -1  -4  -1   0   0   1  -2  -4  -1   0  -2  -2  -2  16
X   0  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1   0   0   0   0   0  -1  -1  -1   0   0   0  -1  -1
Y  -1  -2  -5  -2  -1   3  -2   0   0  -1   0   0  -2  -3   0   0  -1  -2   0   3  -1   8
Z  -1   0  -2   1   5  -3  -2  -1  -3   1  -2  -2   0   0   4   0   0  -1  -2  -1   0  -1   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum40
------------
A   5
B  -1   5
C  -2  -2  16
D  -1   6  -2   9
E  -1   1  -2   2   7
F  -3  -3  -2  -4  -3   9
G   1  -1  -3  -2  -3  -3   8
H  -2   0  -4   0   0  -2  -2  13
I  -1  -3  -4  -4  -4   1  -4  -3   6
K  -1   0  -3   0   1  -3  -2  -1  -3   6
L  -2  -3  -2  -3  -2   2  -4  -2   2  -2   6
M  -1  -3  -3  -3  -2   0  -2   1   1  -1   3   7
N  -1   4  -2   2  -1  -3   0   1  -2   0  -3  -2   8
P  -2  -2  -5  -2   0  -4  -1  -2  -2  -1  -4  -2  -2  11
Q   0   0  -4  -1   2  -4  -2   0  -3   1  -2  -1   1  -2   8
R  -2  -1  -3  -1  -1  -2  -3   0  -3   3  -2  -1   0  -3   2   9
S   1   0  -1   0   0  -2   0  -1  -2   0  -3  -2   1  -1   1  -1   5
T   0   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -1   0  -1  -1   0   0  -1  -2   2   6
V   0  -3  -2  -3  -3   0  -4  -4   4  -2   2   1  -3  -3  -3  -2  -1   1   5
W  -3  -4  -6  -5  -2   1  -2  -5  -3  -2  -1  -2  -4  -4  -1  -2  -5  -4  -3  19
X   0  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   0  -1  -2  -1  -1   0   0  -1  -2  -1
Y  -2  -3  -4  -3  -2   4  -3   2   0  -1   0   1  -2  -3  -1  -1  -2  -1  -1   3  -1   9
Z  -1   2  -3   1   5  -4  -2   0  -4   1  -2  -2   0  -1   4   0   0  -1  -3  -2  -1  -2   5
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum45
------------
A   5
B  -1   4
C  -1  -2  12
D  -2   5  -3   7
E  -1   1  -3   2   6
F  -2  -3  -2  -4  -3   8
G   0  -1  -3  -1  -2  -3   7
H  -2   0  -3   0   0  -2  -2  10
I  -1  -3  -3  -4  -3   0  -4  -3   5
K  -1   0  -3   0   1  -3  -2  -1  -3   5
L  -1  -3  -2  -3  -2   1  -3  -2   2  -3   5
M  -1  -2  -2  -3  -2   0  -2   0   2  -1   2   6
N  -1   4  -2   2   0  -2   0   1  -2   0  -3  -2   6
P  -1  -2  -4  -1   0  -3  -2  -2  -2  -1  -3  -2  -2   9
Q  -1   0  -3   0   2  -4  -2   1  -2   1  -2   0   0  -1   6
R  -2  -1  -3  -1   0  -2  -2   0  -3   3  -2  -1   0  -2   1   7
S   1   0  -1   0   0  -2   0  -1  -2  -1  -3  -2   1  -1   0  -1   4
T   0   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1  -1   2   5
V   0  -3  -1  -3  -3   0  -3  -3   3  -2   1   1  -3  -3  -3  -2  -1   0   5
W  -2  -4  -5  -4  -3   1  -2  -3  -2  -2  -2  -2  -4  -3  -2  -2  -4  -3  -3  15
X   0  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   0   0  -1  -2  -1
Y  -2  -2  -3  -2  -2   3  -3   2   0  -1   0   0  -2  -3  -1  -1  -2  -1  -1   3  -1   8
Z  -1   2  -3   1   4  -3  -2   0  -3   1  -2  -1   0  -1   4   0   0  -1  -3  -2  -1  -2   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum50
------------
A   5
B  -2   5
C  -1  -3  13
D  -2   5  -4   8
E  -1   1  -3   2   6
F  -3  -4  -2  -5  -3   8
G   0  -1  -3  -1  -3  -4   8
H  -2   0  -3  -1   0  -1  -2  10
I  -1  -4  -2  -4  -4   0  -4  -4   5
K  -1   0  -3  -1   1  -4  -2   0  -3   6
L  -2  -4  -2  -4  -3   1  -4  -3   2  -3   5
M  -1  -3  -2  -4  -2   0  -3  -1   2  -2   3   7
N  -1   4  -2   2   0  -4   0   1  -3   0  -4  -2   7
P  -1  -2  -4  -1  -1  -4  -2  -2  -3  -1  -4  -3  -2  10
Q  -1   0  -3   0   2  -4  -2   1  -3   2  -2   0   0  -1   7
R  -2  -1  -4  -2   0  -3  -3   0  -4   3  -3  -2  -1  -3   1   7
S   1   0  -1   0  -1  -3   0  -1  -3   0  -3  -2   1  -1   0  -1   5
T   0   0  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1  -1   2   5
V   0  -4  -1  -4  -3  -1  -4  -4   4  -3   1   1  -3  -3  -3  -3  -2   0   5
W  -3  -5  -5  -5  -3   1  -3  -3  -3  -3  -2  -1  -4  -4  -1  -3  -4  -3  -3  15
X  -1  -1  -2  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -1   0  -1  -3  -1
Y  -2  -3  -3  -3  -2   4  -3   2  -1  -2  -1   0  -2  -3  -1  -1  -2  -2  -1   2  -1   8
Z  -1   2  -3   1   5  -4  -2   0  -3   1  -3  -1   0  -1   4   0   0  -1  -3  -2  -1  -2   5
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum55
------------
A   5
B  -2   5
C  -1  -3  13
D  -2   5  -4   8
E  -1   1  -3   2   6
F  -3  -4  -2  -5  -3   8
G   0  -1  -3  -1  -3  -4   8
H  -2   0  -3  -1   0  -1  -2  10
I  -1  -4  -2  -4  -4   0  -4  -4   5
K  -1   0  -3  -1   1  -4  -2   0  -3   6
L  -2  -4  -2  -4  -3   1  -4  -3   2  -3   5
M  -1  -3  -2  -4  -2   0  -3  -1   2  -2   3   7
N  -1   4  -2   2   0  -4   0   1  -3   0  -4  -2   7
P  -1  -2  -4  -1  -1  -4  -2  -2  -3  -1  -4  -3  -2  10
Q  -1   0  -3   0   2  -4  -2   1  -3   2  -2   0   0  -1   7
R  -2  -1  -4  -2   0  -3  -3   0  -4   3  -3  -2  -1  -3   1   7
S   1   0  -1   0  -1  -3   0  -1  -3   0  -3  -2   1  -1   0  -1   5
T   0   0  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1  -1   2   5
V   0  -4  -1  -4  -3  -1  -4  -4   4  -3   1   1  -3  -3  -3  -3  -2   0   5
W  -3  -5  -5  -5  -3   1  -3  -3  -3  -3  -2  -1  -4  -4  -1  -3  -4  -3  -3  15
X  -1  -1  -2  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -1   0  -1  -3  -1
Y  -2  -3  -3  -3  -2   4  -3   2  -1  -2  -1   0  -2  -3  -1  -1  -2  -2  -1   2  -1   8
Z  -1   2  -3   1   5  -4  -2   0  -3   1  -3  -1   0  -1   4   0   0  -1  -3  -2  -1  -2   5
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum60
------------
A   4
B  -2   4
C   0  -3   9
D  -2   4  -3   6
E  -1   1  -3   2   5
F  -2  -3  -2  -3  -3   6
G   0  -1  -2  -1  -2  -3   6
H  -2   0  -3  -1   0  -1  -2   7
I  -1  -3  -1  -3  -3   0  -3  -3   4
K  -1   0  -3  -1   1  -3  -1  -1  -3   4
L  -1  -3  -1  -3  -3   0  -4  -3   2  -2   4
M  -1  -3  -1  -3  -2   0  -2  -1   1  -1   2   5
N  -1   3  -2   1   0  -3   0   1  -3   0  -3  -2   6
P  -1  -2  -3  -1  -1  -4  -2  -2  -3  -1  -3  -2  -2   7
Q  -1   0  -3   0   2  -3  -2   1  -3   1  -2   0   0  -1   5
R  -1  -1  -3  -1   0  -3  -2   0  -3   2  -2  -1   0  -2   1   5
S   1   0  -1   0   0  -2   0  -1  -2   0  -2  -1   1  -1   0  -1   4
T   0   0  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1  -1   1   4
V   0  -3  -1  -3  -2  -1  -3  -3   3  -2   1   1  -3  -2  -2  -2  -2   0   4
W  -3  -4  -2  -4  -3   1  -2  -2  -2  -3  -2  -1  -4  -4  -2  -3  -3  -2  -3  10
X   0  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1   0   0  -1  -2  -1
Y  -2  -2  -2  -3  -2   3  -3   2  -1  -2  -1  -1  -2  -3  -1  -2  -2  -2  -1   2  -1   6
Z  -1   1  -3   1   4  -3  -2   0  -3   1  -2  -1   0  -1   3   0   0  -1  -2  -2  -1  -2   3
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum62
------------
A   4
B  -2   4
C   0  -3   9
D  -2   4  -3   6
E  -1   1  -4   2   5
F  -2  -3  -2  -3  -3   6
G   0  -1  -3  -1  -2  -3   6
H  -2   0  -3  -1   0  -1  -2   8
I  -1  -3  -1  -3  -3   0  -4  -3   4
K  -1   0  -3  -1   1  -3  -2  -1  -3   5
L  -1  -4  -1  -4  -3   0  -4  -3   2  -2   4
M  -1  -3  -1  -3  -2   0  -3  -2   1  -1   2   5
N  -2   3  -3   1   0  -3   0   1  -3   0  -3  -2   6
P  -1  -2  -3  -1  -1  -4  -2  -2  -3  -1  -3  -2  -2   7
Q  -1   0  -3   0   2  -3  -2   0  -3   1  -2   0   0  -1   5
R  -1  -1  -3  -2   0  -3  -2   0  -3   2  -2  -1   0  -2   1   5
S   1   0  -1   0   0  -2   0  -1  -2   0  -2  -1   1  -1   0  -1   4
T   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1  -1   1   5
V   0  -3  -1  -3  -2  -1  -3  -3   3  -2   1   1  -3  -2  -2  -3  -2   0   4
W  -3  -4  -2  -4  -3   1  -2  -2  -3  -3  -2  -1  -4  -4  -2  -3  -3  -2  -3  11
X   0  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1   0   0  -1  -2  -1
Y  -2  -3  -2  -3  -2   3  -3   2  -1  -2  -1  -1  -2  -3  -1  -2  -2  -2  -1   2  -1   7
Z  -1   1  -3   1   4  -3  -2   0  -3   1  -3  -1   0  -1   3   0   0  -1  -2  -3  -1  -2   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum65
------------
A   4
B  -2   4
C   0  -3   9
D  -2   4  -4   6
E  -1   1  -4   2   5
F  -2  -3  -2  -4  -3   6
G   0  -1  -3  -1  -2  -3   6
H  -2   0  -3  -1   0  -1  -2   8
I  -1  -3  -1  -3  -3   0  -4  -3   4
K  -1   0  -3  -1   1  -3  -2  -1  -3   5
L  -2  -4  -1  -4  -3   0  -4  -3   2  -3   4
M  -1  -3  -2  -3  -2   0  -3  -2   1  -2   2   6
N  -2   3  -3   1   0  -3  -1   1  -3   0  -4  -2   6
P  -1  -2  -3  -2  -1  -4  -2  -2  -3  -1  -3  -3  -2   8
Q  -1   0  -3   0   2  -3  -2   1  -3   1  -2   0   0  -1   6
R  -1  -1  -4  -2   0  -3  -2   0  -3   2  -2  -2   0  -2   1   6
S   1   0  -1   0   0  -2   0  -1  -2   0  -3  -2   1  -1   0  -1   4
T   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1  -1   1   5
V   0  -3  -1  -3  -3  -1  -3  -3   3  -2   1   1  -3  -2  -2  -3  -2   0   4
W  -3  -4  -2  -5  -3   1  -3  -2  -2  -3  -2  -2  -4  -4  -2  -3  -3  -3  -3  10
X  -1  -1  -2  -1  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -1
Y  -2  -3  -2  -3  -2   3  -3   2  -1  -2  -1  -1  -2  -3  -2  -2  -2  -2  -1   2  -1   7
Z  -1   1  -4   1   4  -3  -2   0  -3   1  -3  -2   0  -1   3   0   0  -1  -2  -3  -1  -2   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum70
------------
A   4
B  -2   4
C  -1  -4   9
D  -2   4  -4   6
E  -1   1  -4   1   5
F  -2  -4  -2  -4  -4   6
G   0  -1  -3  -2  -2  -4   6
H  -2  -1  -4  -1   0  -1  -2   8
I  -2  -4  -1  -4  -4   0  -4  -4   4
K  -1  -1  -4  -1   1  -3  -2  -1  -3   5
L  -2  -4  -2  -4  -3   0  -4  -3   2  -3   4
M  -1  -3  -2  -3  -2   0  -3  -2   1  -2   2   6
N  -2   3  -3   1   0  -3  -1   0  -4   0  -4  -2   6
P  -1  -2  -3  -2  -1  -4  -3  -2  -3  -1  -3  -3  -2   8
Q  -1   0  -3  -1   2  -3  -2   1  -3   1  -2   0   0  -2   6
R  -2  -1  -4  -2   0  -3  -3   0  -3   2  -3  -2  -1  -2   1   6
S   1   0  -1   0   0  -3  -1  -1  -3   0  -3  -2   0  -1   0  -1   4
T   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -2  -1   0  -1  -1  -1   1   5
V   0  -3  -1  -4  -3  -1  -4  -3   3  -3   1   1  -3  -3  -2  -3  -2   0   4
W  -3  -4  -3  -5  -4   1  -3  -2  -3  -3  -2  -2  -4  -4  -2  -3  -3  -3  -3  11
X  -1  -1  -2  -2  -1  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -3  -1
Y  -2  -3  -3  -4  -3   3  -4   2  -1  -2  -1  -1  -2  -3  -2  -2  -2  -2  -2   2  -2   7
Z  -1   0  -4   1   4  -4  -2   0  -3   1  -3  -2   0  -1   3   0   0  -1  -3  -3  -1  -2   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum75
------------
A   4
B  -2   4
C  -1  -4   9
D  -2   4  -4   6
E  -1   1  -5   1   5
F  -3  -4  -2  -4  -4   6
G   0  -1  -3  -2  -3  -4   6
H  -2  -1  -4  -1   0  -2  -2   8
I  -2  -4  -1  -4  -4   0  -5  -4   4
K  -1  -1  -4  -1   1  -4  -2  -1  -3   5
L  -2  -4  -2  -4  -4   0  -4  -3   1  -3   4
M  -1  -3  -2  -4  -2   0  -3  -2   1  -2   2   6
N  -2   3  -3   1  -1  -4  -1   0  -4   0  -4  -3   6
P  -1  -2  -4  -2  -1  -4  -3  -2  -3  -1  -3  -3  -3   8
Q  -1   0  -3  -1   2  -4  -2   1  -3   1  -3   0   0  -2   6
R  -2  -1  -4  -2   0  -3  -3   0  -3   2  -3  -2  -1  -2   1   6
S   1   0  -1  -1   0  -3  -1  -1  -3   0  -3  -2   0  -1   0  -1   5
T   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -2  -1   0  -1  -1  -1   1   5
V   0  -4  -1  -4  -3  -1  -4  -4   3  -3   1   1  -3  -3  -2  -3  -2   0   4
W  -3  -5  -3  -5  -4   1  -3  -2  -3  -4  -2  -2  -4  -5  -2  -3  -3  -3  -3  11
X  -1  -2  -2  -2  -1  -2  -2  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -3  -1
Y  -2  -3  -3  -4  -3   3  -4   2  -2  -2  -1  -2  -3  -4  -2  -2  -2  -2  -2   2  -2   7
Z  -1   0  -4   1   4  -4  -2   0  -4   1  -3  -2   0  -2   3   0   0  -1  -3  -3  -1  -3   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum80
------------
A   5
B  -2   4
C  -1  -4   9
D  -2   4  -4   6
E  -1   1  -5   1   6
F  -3  -4  -3  -4  -4   6
G   0  -1  -4  -2  -3  -4   6
H  -2  -1  -4  -2   0  -2  -3   8
I  -2  -4  -2  -4  -4  -1  -5  -4   5
K  -1  -1  -4  -1   1  -4  -2  -1  -3   5
L  -2  -4  -2  -5  -4   0  -4  -3   1  -3   4
M  -1  -3  -2  -4  -2   0  -4  -2   1  -2   2   6
N  -2   4  -3   1  -1  -4  -1   0  -4   0  -4  -3   6
P  -1  -2  -4  -2  -2  -4  -3  -3  -4  -1  -3  -3  -3   8
Q  -1   0  -4  -1   2  -4  -2   1  -3   1  -3   0   0  -2   6
R  -2  -2  -4  -2  -1  -4  -3   0  -3   2  -3  -2  -1  -2   1   6
S   1   0  -2  -1   0  -3  -1  -1  -3  -1  -3  -2   0  -1   0  -1   5
T   0  -1  -1  -1  -1  -2  -2  -2  -1  -1  -2  -1   0  -2  -1  -1   1   5
V   0  -4  -1  -4  -3  -1  -4  -4   3  -3   1   1  -4  -3  -3  -3  -2   0   4
W  -3  -5  -3  -6  -4   0  -4  -3  -3  -4  -2  -2  -4  -5  -3  -4  -4  -4  -3  11
X  -1  -2  -3  -2  -1  -2  -2  -2  -2  -1  -2  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -3  -1
Y  -2  -3  -3  -4  -3   3  -4   2  -2  -3  -2  -2  -3  -4  -2  -3  -2  -2  -2   2  -2   7
Z  -1   0  -4   1   4  -4  -3   0  -4   1  -3  -2   0  -2   3   0   0  -1  -3  -4  -1  -3   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum85
------------
A   5
B  -2   4
C  -1  -4   9
D  -2   4  -5   7
E  -1   0  -5   1   6
F  -3  -4  -3  -4  -4   7
G   0  -1  -4  -2  -3  -4   6
H  -2  -1  -5  -2  -1  -2  -3   8
I  -2  -5  -2  -5  -4  -1  -5  -4   5
K  -1  -1  -4  -1   0  -4  -2  -1  -3   6
L  -2  -5  -2  -5  -4   0  -5  -3   1  -3   4
M  -2  -4  -2  -4  -3  -1  -4  -3   1  -2   2   7
N  -2   4  -4   1  -1  -4  -1   0  -4   0  -4  -3   7
P  -1  -3  -4  -2  -2  -4  -3  -3  -4  -2  -4  -3  -3   8
Q  -1  -1  -4  -1   2  -4  -3   1  -4   1  -3   0   0  -2   6
R  -2  -2  -4  -2  -1  -4  -3   0  -4   2  -3  -2  -1  -2   1   6
S   1   0  -2  -1  -1  -3  -1  -1  -3  -1  -3  -2   0  -1  -1  -1   5
T   0  -1  -2  -2  -1  -3  -2  -2  -1  -1  -2  -1   0  -2  -1  -2   1   5
V  -1  -4  -1  -4  -3  -1  -4  -4   3  -3   0   0  -4  -3  -3  -3  -2   0   5
W  -3  -5  -4  -6  -4   0  -4  -3  -3  -5  -3  -2  -5  -5  -3  -4  -4  -4  -3  11
X  -1  -2  -3  -2  -1  -2  -2  -2  -2  -1  -2  -1  -2  -2  -1  -2  -1  -1  -1  -3  -2
Y  -3  -4  -3  -4  -4   3  -5   2  -2  -3  -2  -2  -3  -4  -2  -3  -2  -2  -2   2  -2   7
Z  -1   0  -5   1   4  -4  -3   0  -4   1  -4  -2  -1  -2   4   0  -1  -1  -3  -4  -1  -3   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum90
------------
A   5
B  -2   4
C  -1  -4   9
D  -3   4  -5   7
E  -1   0  -6   1   6
F  -3  -4  -3  -5  -5   7
G   0  -2  -4  -2  -3  -5   6
H  -2  -1  -5  -2  -1  -2  -3   8
I  -2  -5  -2  -5  -4  -1  -5  -4   5
K  -1  -1  -4  -1   0  -4  -2  -1  -4   6
L  -2  -5  -2  -5  -4   0  -5  -4   1  -3   5
M  -2  -4  -2  -4  -3  -1  -4  -3   1  -2   2   7
N  -2   4  -4   1  -1  -4  -1   0  -4   0  -4  -3   7
P  -1  -3  -4  -3  -2  -4  -3  -3  -4  -2  -4  -3  -3   8
Q  -1  -1  -4  -1   2  -4  -3   1  -4   1  -3   0   0  -2   7
R  -2  -2  -5  -3  -1  -4  -3   0  -4   2  -3  -2  -1  -3   1   6
S   1   0  -2  -1  -1  -3  -1  -2  -3  -1  -3  -2   0  -2  -1  -1   5
T   0  -1  -2  -2  -1  -3  -3  -2  -1  -1  -2  -1   0  -2  -1  -2   1   6
V  -1  -4  -2  -5  -3  -2  -5  -4   3  -3   0   0  -4  -3  -3  -3  -2  -1   5
W  -4  -6  -4  -6  -5   0  -4  -3  -4  -5  -3  -2  -5  -5  -3  -4  -4  -4  -3  11
X  -1  -2  -3  -2  -2  -2  -2  -2  -2  -1  -2  -1  -2  -2  -1  -2  -1  -1  -2  -3  -2
Y  -3  -4  -4  -4  -4   3  -5   1  -2  -3  -2  -2  -3  -4  -3  -3  -3  -2  -3   2  -2   8
Z  -1   0  -5   0   4  -4  -3   0  -4   1  -4  -2  -1  -2   4   0  -1  -1  -3  -4  -1  -3   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

blosum95
------------
A   5
B  -3   4
C  -1  -4   9
D  -3   4  -5   7
E  -1   0  -6   1   6
F  -3  -5  -3  -5  -5   7
G  -1  -2  -5  -2  -3  -5   6
H  -3  -1  -5  -2  -1  -2  -3   9
I  -2  -5  -2  -5  -4  -1  -6  -4   5
K  -1  -1  -5  -2   0  -4  -3  -1  -4   6
L  -2  -5  -3  -5  -4   0  -5  -4   1  -3   5
M  -2  -4  -3  -5  -3  -1  -4  -3   1  -2   2   7
N  -2   4  -4   1  -1  -4  -1   0  -4   0  -5  -3   7
P  -1  -3  -5  -3  -2  -5  -4  -3  -4  -2  -4  -3  -3   8
Q  -1  -1  -4  -1   2  -4  -3   1  -4   1  -3  -1   0  -2   7
R  -2  -2  -5  -3  -1  -4  -4  -1  -4   2  -3  -2  -1  -3   0   7
S   1  -1  -2  -1  -1  -3  -1  -2  -3  -1  -3  -3   0  -2  -1  -2   5
T   0  -1  -2  -2  -2  -3  -3  -2  -2  -1  -2  -1  -1  -2  -1  -2   1   6
V  -1  -5  -2  -5  -3  -2  -5  -4   3  -3   0   0  -4  -4  -3  -4  -3  -1   5
W  -4  -6  -4  -6  -5   0  -5  -3  -4  -5  -3  -2  -5  -5  -3  -4  -4  -4  -3  11
X  -1  -2  -3  -2  -2  -2  -3  -2  -2  -1  -2  -2  -2  -3  -1  -2  -1  -1  -2  -4  -2
Y  -3  -4  -4  -5  -4   3  -5   1  -2  -3  -2  -3  -3  -5  -3  -3  -3  -3  -3   2  -2   8
Z  -1   0  -5   0   4  -4  -3   0  -4   0  -4  -2  -1  -2   4  -1  -1  -2  -3  -4  -1  -4   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

feng
------------
A   6
C   2   6
D   4   1   6
E   4   0   5   6
F   2   3   1   0   6
G   5   3   4   4   1   6
H   2   2   3   2   2   1   6
I   2   2   1   1   4   2   1   6
K   3   0   3   4   0   2   3   2   6
L   2   2   1   1   4   2   3   5   2   6
M   2   2   0   1   2   1   1   4   2   5   6
N   3   2   5   3   1   3   4   2   4   1   1   6
P   5   2   2   3   2   3   3   2   2   3   2   2   6
Q   3   1   4   4   1   2   4   1   4   2   2   3   3   6
R   2   2   2   2   1   3   4   2   5   2   2   2   3   3   6
S   5   4   3   3   3   5   3   2   3   2   1   5   4   3   3   6
T   5   2   2   3   1   2   2   3   4   2   3   4   4   3   3   5   6
V   5   2   3   4   4   4   1   5   3   5   4   2   3   2   2   2   3   6
W   2   3   0   1   3   3   1   2   1   4   3   0   2   1   2   2   1   3   6
Y   2   3   2   1   5   2   3   3   1   3   2   3   2   2   1   3   2   3   3   6
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

fitch
------------
A   3
C   1   3
E   1   1   3
F   1   2   1   3
H   2   1   1   1   3
I   1   0   2   0   1   3
L   2   1   2   1   1   1   3
M   0   0   2   1   0   2   1   3
N   2   1   2   1   2   2   1   1   3
O   2   2   1   2   2   1   1   0   2   3
Q   1   1   1   1   2   2   1   1   1   2   3
R   1   2   2   1   2   2   1   2   1   1   2   3
S   1   2   2   2   1   1   2   1   2   2   2   2   3
T   0   2   1   1   0   1   1   1   0   1   2   2   2   3
U   1   1   1   2   2   1   1   2   1   1   2   2   2   2   3
V   2   2   1   2   1   1   2   2   1   1   1   1   1   1   2   3
W   1   1   2   2   1   1   1   2   2   1   0   1   2   0   2   2   3
Y   2   2   1   1   1   1   2   1   1   1   1   2   2   2   2   2   1   3
   A   C   E   F   H   I   L   M   N   O   Q   R   S   T   U   V   W   Y

genetic
------------
A   4
C  -1   5
D   1  -1   4
E   1  -3   3   5
F  -2   1  -1  -2   4
G   1   1   1   1  -1   4
H  -2  -1   1   0  -1  -2   4
I  -1  -1  -2  -2   1  -2  -1   4
K  -1  -3   0   2  -2  -2   0   0   5
L  -2  -1  -2  -2   2  -2   0   1  -2   3
M  -2  -2  -2  -1   0  -2  -1   3   1   1   5
N  -1  -1   1   0  -1  -2   1   0   3  -2   0   4
P   0  -1  -2  -2  -1  -1   0  -1  -1   0  -1  -1   3
Q  -2  -3   0   2  -2  -2   3  -1   2   0  -1   0   1   5
R  -1   0  -2  -2  -1   0   3  -1   0   0   0  -1   0   0   2
S   0   1  -2  -2   0   0  -1   0  -1  -1  -1   0   0  -2   0   2
T   0  -1  -2  -2  -2  -2  -1   0   1  -1   0   0   1  -1   0   1   4
V   1  -2   1   1   1   1  -2   1  -2   1   1  -2  -2  -2  -2  -2  -2   4
W  -2   4  -2  -3   0   1  -2  -2  -3   0  -2  -3  -1  -2   1   0  -2  -2   7
Y  -2   2   2   0   2  -1   2  -1   0  -1  -2   2  -2   0  -1   0  -2  -2   0   6
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

gonnet
------------
A   2
C   0  11
D   0  -3   4
E   0  -3   2   3
F  -2   0  -4  -3   7
G   0  -2   0   0  -5   6
H   0  -1   0   0   0  -1   6
I   0  -1  -3  -2   1  -4  -2   4
K   0  -2   0   1  -3  -1   0  -2   3
L  -1  -1  -4  -2   2  -4  -1   2  -2   4
M   0   0  -3  -2   1  -3  -1   2  -1   2   4
N   0  -1   2   0  -3   0   1  -2   0  -3  -2   3
P   0  -3   0   0  -3  -1  -1  -2   0  -2  -2   0   7
Q   0  -2   0   1  -2  -1   1  -1   1  -1  -1   0   0   2
R   0  -2   0   0  -3  -1   0  -2   2  -2  -1   0   0   1   4
S   1   0   0   0  -2   0   0  -1   0  -2  -1   0   0   0   0   2
T   0   0   0   0  -2  -1   0   0   0  -1   0   0   0   0   0   1   2
V   0   0  -2  -1   0  -3  -2   3  -1   1   1  -2  -1  -1  -2  -1   0   3
W  -3  -1  -5  -4   3  -4   0  -1  -3   0  -1  -3  -5  -2  -1  -3  -3  -2  14
Y  -2   0  -2  -2   5  -4   2   0  -2   0   0  -1  -3  -1  -1  -1  -1  -1   4   7
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

grant
------------
A 215
C  61 215
E 130  66 215
F  38  10 112 215
G 170  45 150  75 215
H 134  41 168 115 175 215
I 114  13 137 113 159 183 215
L  89  20 157 102 108 129 109 215
M  55  19 134 187  89 128 120 131 215
N 192  76 150  57 173 147 121 104  73 215
O  55  21 123 193  93 132 130 103 179  72 215
P 107  46 177 101 122 138 112 188 128 124 105 215
Q 154  61 173  99 186 191 162 124 114 169 116 139 215
R 119  35 144 118 161 186 189 103 124 129 138 112 172 215
S 150 103 157  60 135 126  94 116  80 169  71 141 147 105 215
T  34   0  87 175  63 100 105  67 148  41 178  68  85 114  38 215
U  43  17 123 193  77 116 108 119 200  62 179 117 102 113  70 154 215
V  63  23 146 165  94 131 118 151 194  82 160 147 119 119  91 127 183 215
W  47  17 126 194  81 121 113 121 205  66 182 120 106 118  73 154 210 186 215
Y 121  56 156  62 117 117  88 155  88 135  68 173 128  90 159  31  77 106  80 215
   A   C   E   F   G   H   I   L   M   N   O   P   Q   R   S   T   U   V   W   Y

ident
------------
A   6
C  -1   6
D  -1  -1   6
E  -1  -1  -1   6
F  -1  -1  -1  -1   6
G  -1  -1  -1  -1  -1   6
H  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
I  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
K  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
L  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
M  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
N  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
P  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
Q  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
R  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
S  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
T  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
V  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
W  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
Y  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1  -1   6
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

johnson
------------
A   6
C  -3  16
D  -1  -9   8
E   0  -6   2   8
F  -3  -4  -7  -6  10
G   0  -8  -2  -2  -8   8
H  -3  -8   0  -2  -1  -3  12
I  -2  -7  -4  -4   0  -5  -5   8
K   0  -8  -1   1  -5  -3   0  -4   7
L  -3  -8  -8  -5   1  -7  -4   2  -3   7
M  -1  -4  -5  -2   0  -5  -2   2  -1   4  11
N  -1  -7   2   0  -3  -1   1  -4   0  -4  -3   8
P  -1  -8  -1  -1  -5  -2  -4  -5   0  -2  -9  -2  10
Q   0  -6  -1   2  -6  -2   1  -7   1  -4   0   0  -3   9
R  -1  -5  -3   0  -6  -2   0  -5   3  -3  -4  -1  -3   2  10
S   0  -7   0  -2  -4  -1  -2  -4  -1  -5  -4   1  -1  -1   0   5
T   0  -6  -1   0  -5  -3  -3  -3   0  -4  -3   0  -2   0  -1   2   6
V   0  -4  -5  -4  -1  -5  -3   3  -3   1   0  -5  -5  -3  -4  -4  -1   7
W  -5  -9  -6  -7   3  -6  -4  -3  -5  -1   0  -6  -7  -8  -3  -6  -9  -4  15
Y  -4  -7  -3  -3   3  -5   0  -2  -3  -2  -1  -1  -7  -5  -2  -3  -2  -1   2  10
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

levin
------------
A   2
C   0   2
D   0   0   2
E   1   0   1   2
F  -1  -1  -1  -1   2
G   0   0   0   0  -1   2
H   0   0   0   0  -1   0   2
I   0   0  -1  -1   1  -1  -1   2
K   0   0   0   0  -1   0   0  -1   2
L   0   0  -1  -1   0  -1  -1   0  -1   2
M   0   0  -1  -1   0  -1  -1   0  -1   2   2
N   0   0   1   0  -1   0   0  -1   1  -1  -1   3
P  -1   0   0  -1  -1   0   0  -1   0  -1  -1   0   3
Q   0   0   0   1  -1   0   0  -1   0  -1  -1   1   0   2
R   0   0   0   0  -1   0   0  -1   1  -1  -1   0   0   0   2
S   1   0   0   0  -1   0   0  -1   0  -1  -1   0   0   0   0   2
T   0   0   0   0  -1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   2
V   0   0  -1  -1   0  -1  -1   1  -1   1   0  -1  -1  -1  -1  -1   0   2
W  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1   0  -1   0   0  -1  -1  -1   0  -1  -1   0   2
Y  -1  -1  -1  -1   1  -1   0   0  -1   0   0  -1  -1  -1  -1  -1  -1   0   0   2
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

mclach
------------
A   8
C   1   9
D   3   1   8
E   4   0   5   8
F   1   0   1   0   9
G   3   1   3   3   0   8
H   3   3   4   2   4   2   8
I   2   1   1   1   3   1   2   8
K   3   0   3   4   0   3   4   1   8
L   2   0   1   1   5   1   2   5   2   8
M   3   3   2   1   5   1   3   5   1   6   8
N   3   1   5   4   0   3   4   1   4   1   2   8
P   4   0   3   4   1   3   3   1   3   1   1   1   8
Q   3   0   4   5   0   2   4   0   4   3   3   4   3   8
R   2   1   1   3   1   3   5   1   5   2   1   3   3   5   8
S   4   2   3   4   2   3   3   2   3   2   2   5   3   4   4   8
T   3   2   3   4   1   2   4   3   3   3   3   3   3   3   3   5   8
V   3   1   1   2   3   2   2   5   2   5   4   1   2   2   2   2   3   8
W   1   2   0   1   6   1   3   3   1   3   1   0   0   2   3   3   2   2   9
Y   1   1   1   2   6   0   4   3   1   3   2   2   0   1   2   3   1   3   6   9
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

miyata
------------
A   1
C   0   1
D  -1  -2   1
E  -1  -2   0   1
F  -1   0  -3  -2   1
G   0   0  -1  -1  -2   1
H   0  -1   0   0  -1  -1   1
I  -1   0  -2  -2   0  -2  -1   1
K  -1  -2   0   0  -1  -2   0  -1   1
L  -1   0  -2  -2   0  -2  -1   1  -1   1
M  -1   0  -2  -1   0  -2   0   0  -1   0   1
N   0  -1   0   0  -2   0   0  -2   0  -2  -1   1
P   1   0  -1  -1  -1   0   0  -1  -1  -1  -1   0   1
Q   0  -1   0   0  -1  -1   0  -1   0  -1  -1   0   0   1
R  -1  -1  -1   0  -1  -2   0  -1   0  -1  -1   0  -1   0   1
S   0   0   0   0  -2   0   0  -1  -1  -1  -1   0   0   0  -1   1
T   0   0   0   0  -1   0   0   0   0  -1   0   0   0   0   0   0   1
V   0   0  -2  -1   0  -1   0   0  -1   0   0  -1   0   0  -1   0   0   1
W  -2  -2  -3  -2   0  -3  -1   0  -1   0   0  -3  -2  -2  -1  -3  -2  -1   1
Y  -1  -1  -2  -1   0  -2  -1   0  -1   0   0  -2  -1  -1   0  -2  -1   0   0   1
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

nwsgappep
------------
A   1
B   0   1
C   0   0   1
D   0   1   0   1
E   0   0   0   1   1
F   0   0   0  -1   0   1
G   0   0   0   0   0   0   1
H   0   0   0   0   0   0   0   1
I   0   0   0   0   0   0   0   0   1
K   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
L   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1
M   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   1
N   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
P   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
Q   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
R   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
S   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
T   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
V   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1
W   0   0  -1  -1  -1   1  -1   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   1
Y   0   0   1   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   1
Z   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   1
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z

pam120
------------
A   3
B   0   4
C  -3  -6   9
D   0   4  -7   5
E   0   3  -7   3   5
F  -4  -5  -6  -7  -7   8
G   1   0  -4   0  -1  -5   5
H  -3   1  -4   0  -1  -3  -4   7
I  -1  -3  -3  -3  -3   0  -4  -4   6
K  -2   0  -7  -1  -1  -7  -3  -2  -3   5
L  -3  -4  -7  -5  -4   0  -5  -3   1  -4   5
M  -2  -4  -6  -4  -3  -1  -4  -4   1   0   3   8
N  -1   3  -5   2   1  -4   0   2  -2   1  -4  -3   4
P   1  -2  -4  -3  -2  -5  -2  -1  -3  -2  -3  -3  -2   6
Q  -1   0  -7   1   2  -6  -3   3  -3   0  -2  -1   0   0   6
R  -3  -2  -4  -3  -3  -5  -4   1  -2   2  -4  -1  -1  -1   1   6
S   1   0   0   0  -1  -3   1  -2  -2  -1  -4  -2   1   1  -2  -1   3
T   1   0  -3  -1  -2  -4  -1  -3   0  -1  -3  -1   0  -1  -2  -2   2   4
V   0  -3  -3  -3  -3  -3  -2  -3   3  -4   1   1  -3  -2  -3  -3  -2   0   5
W  -7  -6  -8  -8  -8  -1  -8  -3  -6  -5  -3  -6  -4  -7  -6   1  -2  -6  -8  12
X  -1  -1  -4  -2  -1  -3  -2  -2  -1  -2  -2  -2  -1  -2  -1  -2  -1  -1  -1  -5  -2
Y  -4  -3  -1  -5  -5   4  -6  -1  -2  -5  -2  -4  -2  -6  -5  -5  -3  -3  -3  -2  -3   8
Z  -1   2  -7   3   4  -6  -2   1  -3  -1  -3  -2   0  -1   4  -1  -1  -2  -3  -7  -1  -5   4
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

pam180
------------
A   3
B   0   4
C  -3  -6  13
D   0   4  -7   5
E   0   3  -7   4   5
F  -5  -6  -6  -8  -7  10
G   1   0  -5   0   0  -6   6
H  -2   1  -4   0   0  -3  -3   8
I  -1  -3  -3  -3  -3   1  -4  -4   6
K  -2   0  -7   0  -1  -7  -3  -1  -3   6
L  -3  -5  -8  -6  -5   1  -6  -3   2  -4   7
M  -2  -3  -7  -4  -3   0  -4  -3   2   1   4   9
N   0   3  -5   3   2  -5   0   2  -3   1  -4  -3   4
P   1  -2  -4  -2  -1  -6  -1  -1  -3  -2  -4  -3  -1   8
Q  -1   1  -7   2   3  -6  -2   4  -3   0  -2  -1   0   0   6
R  -3  -2  -5  -3  -2  -6  -4   2  -3   4  -4  -1  -1  -1   1   8
S   1   1   0   0  -1  -4   1  -2  -2  -1  -4  -2   1   1  -1  -1   3
T   2   0  -3  -1  -1  -4  -1  -2   0   0  -3  -1   0   0  -2  -2   2   4
V   0  -3  -3  -3  -3  -2  -2  -3   5  -4   2   2  -3  -2  -3  -4  -2   0   6
W  -8  -7 -10  -9  -9   0  -9  -4  -7  -5  -3  -6  -5  -7  -6   2  -3  -7  -8  18
X  -1  -1  -4  -1  -1  -3  -2  -1  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -2   0  -1  -1  -6  -1
Y  -5  -4   0  -6  -6   7  -7   0  -2  -6  -2  -4  -2  -7  -6  -6  -4  -4  -4  -1  -3  11
Z   0   3  -7   3   5  -7  -1   2  -3   0  -3  -2   1  -1   5   0  -1  -1  -3  -8  -1  -6   5
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

pam250
------------
A   2
B   0   3
C  -2  -4  12
D   0   3  -5   4
E   0   3  -5   3   4
F  -3  -4  -4  -6  -5   9
G   1   0  -3   1   0  -5   5
H  -1   1  -3   1   1  -2  -2   6
I  -1  -2  -2  -2  -2   1  -3  -2   5
K  -1   1  -5   0   0  -5  -2   0  -2   5
L  -2  -3  -6  -4  -3   2  -4  -2   2  -3   6
M  -1  -2  -5  -3  -2   0  -3  -2   2   0   4   6
N   0   2  -4   2   1  -3   0   2  -2   1  -3  -2   2
P   1  -1  -3  -1  -1  -5   0   0  -2  -1  -3  -2   0   6
Q   0   1  -5   2   2  -5  -1   3  -2   1  -2  -1   1   0   4
R  -2  -1  -4  -1  -1  -4  -3   2  -2   3  -3   0   0   0   1   6
S   1   0   0   0   0  -3   1  -1  -1   0  -3  -2   1   1  -1   0   2
T   1   0  -2   0   0  -3   0  -1   0   0  -2  -1   0   0  -1  -1   1   3
V   0  -2  -2  -2  -2  -1  -1  -2   4  -2   2   2  -2  -1  -2  -2  -1   0   4
W  -6  -5  -8  -7  -7   0  -7  -3  -5  -3  -2  -4  -4  -6  -5   2  -2  -5  -6  17
X   0  -1  -3  -1  -1  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -1   0  -1  -1  -1   0   0  -1  -4  -1
Y  -3  -3   0  -4  -4   7  -5   0  -1  -4  -1  -2  -2  -5  -4  -4  -3  -3  -2   0  -2  10
Z   0   2  -5   3   3  -5   0   2  -2   0  -3  -2   1   0   3   0   0  -1  -2  -6  -1  -4   3
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

pam30
------------
A   6
B  -3   6
C  -6 -12  10
D  -3   6 -14   8
E  -2   1 -14   2   8
F  -8 -10 -13 -15 -14   9
G  -2  -3  -9  -3  -4  -9   6
H  -7  -1  -7  -4  -5  -6  -9   9
I  -5  -6  -6  -7  -5  -2 -11  -9   8
K  -7  -2 -14  -4  -4 -14  -7  -6  -6   7
L  -6  -9 -15 -12  -9  -3 -10  -6  -1  -8   7
M  -5 -10 -13 -11  -7  -4  -8 -10  -1  -2   1  11
N  -4   6 -11   2  -2  -9  -3   0  -5  -1  -7  -9   8
P  -2  -7  -8  -8  -5 -10  -6  -4  -8  -6  -7  -8  -6   8
Q  -4  -3 -14  -2   1 -13  -7   1  -8  -3  -5  -4  -3  -3   8
R  -7  -7  -8 -10  -9  -9  -9  -2  -5   0  -8  -4  -6  -4  -2   8
S   0  -1  -3  -4  -4  -6  -2  -6  -7  -4  -8  -5   0  -2  -5  -3   6
T  -1  -3  -8  -5  -6  -9  -6  -7  -2  -3  -7  -4  -2  -4  -5  -6   0   7
V  -2  -8  -6  -8  -6  -8  -5  -6   2  -9  -2  -1  -8  -6  -7  -8  -6  -3   7
W -13 -10 -15 -15 -17  -4 -15  -7 -14 -12  -6 -13  -8 -14 -13  -2  -5 -13 -15  13
X  -3  -5  -9  -5  -5  -8  -5  -5  -5  -5  -6  -5  -3  -5  -5  -6  -3  -4  -5 -11  -5
Y  -8  -6  -4 -11  -8   2 -14  -3  -6  -9  -7 -11  -4 -13 -12 -10  -7  -6  -7  -5  -7  10
Z  -3   0 -14   1   6 -13  -5  -1  -6  -4  -7  -5  -3  -4   6  -4  -5  -6  -6 -14  -5  -9   6
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

pam300
------------
A   2
B   0   3
C  -2  -5  15
D   0   3  -6   4
E   0   3  -6   4   4
F  -4  -5  -5  -6  -6  11
G   2   1  -4   1   0  -5   5
H  -1   1  -4   1   1  -2  -2   7
I   0  -2  -3  -2  -2   1  -3  -2   5
K  -1   1  -6   0   0  -6  -2   0  -2   5
L  -2  -4  -7  -4  -4   3  -4  -2   3  -3   7
M  -1  -2  -6  -3  -2   1  -3  -2   3   0   4   6
N   0   2  -4   2   2  -4   1   2  -2   1  -3  -2   2
P   1   0  -3  -1   0  -5   0   0  -2  -1  -3  -2   0   6
Q   0   2  -6   2   3  -5  -1   3  -2   1  -2  -1   1   0   4
R  -1   0  -4  -1  -1  -5  -2   2  -2   4  -3   0   0   0   2   7
S   1   1   0   0   0  -4   1  -1  -1   0  -3  -2   1   1   0   0   1
T   1   0  -2   0   0  -3   0  -1   0   0  -2  -1   0   1  -1  -1   1   2
V   0  -2  -2  -2  -2  -1  -1  -2   4  -2   2   2  -2  -1  -2  -3  -1   0   5
W  -6  -6  -9  -7  -8   1  -8  -3  -6  -4  -2  -5  -5  -6  -5   3  -3  -6  -7  22
X   0   0  -3  -1  -1  -2  -1   0  -1  -1  -1  -1   0  -1   0  -1   0   0   0  -4  -1
Y  -4  -4   1  -5  -5   9  -6   0  -1  -5   0  -2  -2  -5  -4  -5  -3  -3  -3   0  -2  12
Z   0   2  -6   3   3  -5   0   2  -2   1  -3  -2   1   0   3   0   0   0  -2  -6  -1  -5   3
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

pam60
------------
A   5
B  -2   5
C  -5  -9   9
D  -2   5 -10   7
E  -1   2 -10   3   7
F  -6  -8  -9 -11 -10   8
G   0  -2  -7  -2  -2  -7   6
H  -5   0  -6  -2  -3  -4  -6   8
I  -3  -4  -4  -5  -4  -1  -7  -6   7
K  -5  -1 -10  -2  -3 -10  -5  -4  -4   6
L  -4  -7 -11  -9  -7  -1  -8  -4   0  -6   6
M  -3  -6 -10  -7  -5  -2  -6  -7   1   0   2  10
N  -2   5  -7   2   0  -6  -1   1  -4   0  -5  -6   6
P   0  -4  -6  -5  -3  -7  -4  -2  -6  -4  -5  -6  -4   7
Q  -3  -1 -10  -1   2  -9  -5   2  -5  -1  -3  -2  -2  -1   7
R  -5  -5  -6  -6  -6  -7  -7   0  -4   2  -6  -2  -3  -2   0   8
S   1   0  -1  -2  -2  -5   0  -4  -4  -2  -6  -4   1   0  -3  -2   5
T   1  -2  -5  -3  -4  -6  -3  -5  -1  -2  -5  -2  -1  -2  -4  -4   1   6
V  -1  -5  -4  -6  -4  -5  -4  -5   3  -6  -1   0  -5  -4  -5  -5  -4  -1   6
W -10  -8 -12 -11 -12  -3 -11  -5 -10  -8  -4  -9  -6 -10  -9   0  -4  -9 -11  13
X  -2  -3  -6  -3  -3  -5  -3  -3  -3  -3  -4  -3  -2  -3  -3  -4  -2  -2  -3  -8  -3
Y  -6  -5  -2  -8  -7   3 -10  -2  -4  -7  -5  -7  -3 -10  -8  -8  -5  -5  -5  -3  -5   9
Z  -2   1 -10   2   5 -10  -3   0  -4  -2  -5  -4  -1  -2   6  -2  -3  -4  -5 -11  -3  -7   5
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   X   Y   Z

pam90
------------
A   4
B  -1   4
C  -3  -7   9
D  -1   5  -8   6
E   0   2  -8   4   6
F  -5  -6  -7  -8  -8   8
G   0  -1  -5  -1  -1  -6   5
H  -4   1  -5  -1  -1  -3  -5   8
I  -2  -3  -3  -4  -3   0  -5  -5   6
K  -3   0  -8  -2  -2  -8  -4  -2  -3   5
L  -3  -5  -9  -7  -5   0  -6  -3   1  -5   6
M  -2  -5  -8  -5  -4  -1  -5  -5   1   0   2   9
N  -1   4  -6   3   0  -5  -1   2  -3   1  -4  -4   5
P   0  -3  -5  -4  -2  -6  -3  -2  -4  -3  -4  -4  -2   7
Q  -2   0  -8   0   2  -7  -3   2  -4  -1  -3  -2  -1  -1   6
R  -4  -3  -5  -5  -4  -6  -5   1  -3   2  -5  -2  -2  -1   0   7
S   1   0  -1  -1  -2  -4   0  -3  -3  -1  -5  -3   1   0  -2  -1   4
T   1  -1  -4  -2  -2  -5  -2  -3   0  -1  -3  -2   0  -1  -3  -3   2   5
V   0  -4  -3  -4  -3  -4  -3  -4   3  -5   0   1  -4  -3  -4  -4  -3  -1   6
W  -8  -7 -10  -9 -10  -2  -9  -4  -8  -6  -3  -7  -5  -8  -7   0  -3  -7  -9  13
Y  -5  -4  -1  -6  -6   4  -8  -1  -3  -6  -3  -6  -2  -8  -6  -6  -4  -4  -4  -2   9
Z  -1   2  -8   3   5  -8  -2   1  -3  -1  -4  -3   0  -2   5  -1  -2  -2  -3  -8  -6   5
   A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z

rao
------------
A  16
C  11  16
D   9   8  16
E  10   9  11  16
F  10  10   4   6  16
G   8   8   9   6   7  16
H  11  10   9  11   9   7  16
I   9   8   3   4  12   6   8  16
K  10   9  11  11   6   7  11   4  16
L  11  11   6   7  11   6  10  10   7  16
M  11  10   5   8  10   4  10   9   8  11  16
N   9   9  11  10   6  10  10   5  11   7   6  16
P   6   7   8   5   4  11   5   3   6   4   2   9  16
Q  11  10  11  11   7   8  11   6  12   9   9  11   7  16
R   8   8  10   9   5   7  10   4  11   6   6  10   6  10  16
S  10  10  10   9   8  11  10   8  10   8   7  11  10  10   9  16
T  10  10   9   8  10  10  10  10   9   9   8  10   8  10   9  11  16
V   9   8   3   4  11   6   9  12   5  10   9   5   3   6   5   8  10  16
W  11  11   6   7  11   8  10  11   7  11  10   8   6   9   7  10  11  11  16
Y   9  10   7   6  10  10   9  10   7   9   8   8   8   8   7  11  11  10  11  16
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

risler
------------
A   2
C  -1   2
D   0  -1   2
E   1  -1   1   2
F   0  -1   0   0   2
G   0  -1   0   0   0   2
H   0  -1  -1   0  -1  -1   2
I   1  -1   0   1   1   0   0   2
K   1  -1   0   1   0   0  -1   1   2
L   1  -1   0   0   1   0   0   2   0   2
M   1  -1   0   0   0   0  -1   0   0   1   2
N   1  -1   0   1   0   0   0   0   1   0   0   2
P   0  -1  -1   0  -1  -1  -1   0   0   0  -1  -1   2
Q   1  -1   0   2   0   0   0   1   1   1   1   1   0   2
R   1  -1   0   1   0   0   0   1   2   1   1   1   0   2   2
S   2  -1   0   1   0   0   0   1   1   1   0   1   0   1   2   2
T   1  -1   0   1   0   0   0   1   1   1   0   1   0   1   1   2   2
V   2  -1   0   1   0   0   0   2   1   2   0   1   0   1   1   1   1   2
W   0  -1  -1  -1   0  -1  -1   0  -1   0  -1  -1  -1  -1   0   0  -1   0   2
Y   0  -1   0   0   2   0   0   0   0   0   0   0  -1   0   0   0   0   0   0   2
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

structure
------------
A   4
C  -2  11
D  -1  -7   6
E   0  -3   2   5
F  -3  -2  -5  -4   7
G   0  -6  -1  -2  -6   5
H  -2  -6   0  -2  -2  -3   8
I  -2  -4  -3  -3   1  -5  -5   6
K  -1  -4  -1   1  -3  -3   0  -3   5
L  -2  -6  -6  -4   2  -5  -3   2  -2   5
M   0  -5  -4  -2   0  -4  -2   1  -1   3   8
N  -1  -6   2   0  -3  -1   2  -3   0  -3  -2   5
P  -1  -8  -1  -1  -5  -2  -3  -4  -1  -3  -6  -2   7
Q   0  -3   0   2  -4  -2   0  -5   1  -3   1   0  -2   6
R  -1  -2  -2   0  -4  -2   0  -3   2  -3  -4  -1  -2   1   7
S   0  -4   0  -1  -3  -1  -2  -3  -1  -4  -4   0  -1  -1   0   4
T  -1  -5  -1   0  -3  -3  -2  -2   0  -3  -2   0  -1   0  -1   1   5
V   0  -4  -4  -2  -1  -4  -2   2  -3   1   0  -4  -4  -2  -3  -3  -1   5
W  -3  -6  -6  -6   2  -4  -3  -2  -3  -1  -2  -5  -4  -5  -2  -5  -5  -4  10
Y  -3  -6  -3  -2   3  -3   0  -1  -2  -2  -1  -1  -6  -3  -1  -2  -2  -1   2   7
   A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y

Testing Entropy
relative entropy 0.162

matrix correlations
BLOSUM30 & BLOSUM90 0.88
BLOSUM90 & BLOSUM30 0.88
